分離系統的核心是色譜柱，它的作用是將多組分樣品分離為單個組分。利用樣品中的組分在流動相和固定相液相間的分配系數不同，在載氣的帶動下各組分在兩相間作反復多次分配，由于使各組份在柱中作用力不同，經過一定的柱長后便得到分離，依次流出色譜柱。