Nature Structural & Molecular Biology: 利用光鑷技術(shù)研究黏連蛋白環(huán)的機(jī)械解離過(guò)程
內(nèi)容簡(jiǎn)介
姐妹染色單體的準(zhǔn)確分離對(duì)于基因組的穩(wěn)定遺傳至關(guān)重要。在細(xì)胞有絲分裂過(guò)程中,姐妹染色單體通過(guò)黏連蛋白復(fù)合體(cohesin)相連,黏連蛋白形成一個(gè)蛋白環(huán),被認(rèn)為通過(guò)包裹DNA來(lái)連接姐妹染色單體,并抵消有絲分裂紡錘體產(chǎn)生的力,從而確保染色體的正確分離。黏連蛋白復(fù)合體由四個(gè)核心亞基組成,形成獨(dú)特的環(huán)狀結(jié)構(gòu),這種結(jié)構(gòu)使其能夠包裹DNA并建立姐妹染色單體的黏連。此外,黏連蛋白在細(xì)胞間期還參與DNA的轉(zhuǎn)錄和復(fù)制等過(guò)程,其在DNA上的移動(dòng)和DNA環(huán)的擠出等行為也受到關(guān)注。
盡管對(duì)黏連蛋白的結(jié)構(gòu)和功能已有一定了解,但仍存在一些未解決的關(guān)鍵問(wèn)題。例如,單個(gè)黏連蛋白復(fù)合體是否能夠同時(shí)包裹兩條姐妹DNA,以及黏連蛋白如何抵抗紡錘體產(chǎn)生的力,這些在分子水平上的細(xì)節(jié)尚不清楚。此外,黏連蛋白在遇到轉(zhuǎn)錄和復(fù)制等過(guò)程中產(chǎn)生的機(jī)械障礙時(shí)的行為,以及其在不同細(xì)胞周期階段的動(dòng)態(tài)變化和調(diào)控機(jī)制,也是當(dāng)前研究的熱點(diǎn)和難點(diǎn)問(wèn)題。2023年發(fā)表在NSMB上的文章《Mechanical disengagement of the cohesin ring》利用光鑷技術(shù)對(duì)黏連蛋白環(huán) (Cohesin ring)的機(jī)械解離過(guò)程進(jìn)行了深入研究。
本研究旨在通過(guò)單分子力測(cè)量技術(shù),探究黏連蛋白與DNA之間的機(jī)械相互作用,以及黏連蛋白環(huán)在抵抗外力時(shí)的穩(wěn)定性,從而揭示黏連蛋白在姐妹染色單體黏連和有絲分裂過(guò)程中的作用機(jī)制。研究結(jié)果表明,黏連蛋白環(huán)的機(jī)械穩(wěn)定性主要由其鉸鏈結(jié)構(gòu)域決定,約20皮牛(pN)的力即可使黏連蛋白在鉸鏈處脫離并釋放DNA,這表明約40個(gè)黏連蛋白分子足以抵抗已知的紡錘體產(chǎn)生的力。此外,研究還發(fā)現(xiàn)單個(gè)黏連蛋白復(fù)合體能夠同時(shí)包裹兩條DNA,并且這種DNA-DNA相互作用在約16pN的力下會(huì)因黏連蛋白環(huán)的解離而破裂。
圖1. 展示了黏連蛋白在DNA上的拓?fù)溲b載過(guò)程。研究人員設(shè)計(jì)了一個(gè)體外實(shí)驗(yàn)系統(tǒng),通過(guò)全內(nèi)反射熒光(TIRF)顯微鏡技術(shù),觀察單個(gè)DNA結(jié)合的黏連蛋白復(fù)合體對(duì)外力的響應(yīng)。實(shí)驗(yàn)中,研究人員將純化的黏連蛋白四聚體與λ-DNA結(jié)合,并通過(guò)一系列實(shí)驗(yàn)步驟,如鹽洗脫、限制酶切割等,證實(shí)了黏連蛋白與DNA之間的拓?fù)湎嗷プ饔茫答みB蛋白確實(shí)能夠以一種環(huán)繞的方式包裹DNA,并且這種包裹在高鹽濃度下依然穩(wěn)定。此外,通過(guò)使用SpyTag-SpyCatcher共價(jià)交聯(lián)系統(tǒng),研究人員還證明了DNA在黏連蛋白環(huán)內(nèi)部被拓?fù)浒瑸楹罄m(xù)研究黏連蛋白環(huán)的機(jī)械穩(wěn)定性奠定了基礎(chǔ)。
圖2. 描述了黏連蛋白在受力情況下的解離行為。研究人員利用光鑷技術(shù),對(duì)結(jié)合在DNA上的黏連蛋白施加外力,發(fā)現(xiàn)當(dāng)力垂直于DNA方向作用時(shí),黏連蛋白會(huì)強(qiáng)烈抵抗運(yùn)動(dòng)和脫離。通過(guò)收集力-距離(FD)曲線,研究人員觀察到黏連蛋白在約20pN的力下會(huì)發(fā)生突然的解離事件,并且這種解離事件是單步的,表明是單個(gè)黏連蛋白分子的斷裂。實(shí)驗(yàn)結(jié)果還顯示,當(dāng)通過(guò)黏連蛋白的不同部位(頭部或鉸鏈)施加力時(shí),雖然解離力存在微小差異,但總體上解離過(guò)程都發(fā)生在相同的界面,即鉸鏈結(jié)構(gòu)域,這進(jìn)一步證實(shí)了鉸鏈?zhǔn)丘みB蛋白環(huán)中最薄弱的環(huán)節(jié)。
圖3. 進(jìn)一步探討了黏連蛋白環(huán)在不同交聯(lián)狀態(tài)下對(duì)外力的響應(yīng)。研究人員分別對(duì)Smc3Psm3-kleisin界面和鉸鏈結(jié)構(gòu)域進(jìn)行共價(jià)交聯(lián),然后施加外力。結(jié)果表明,當(dāng)Smc3Psm3-kleisin界面被交聯(lián)時(shí),黏連蛋白環(huán)在約20pN的力下仍然會(huì)發(fā)生解離,且解離參數(shù)與野生型黏連蛋白相似,說(shuō)明解離并非發(fā)生在交聯(lián)的Smc3Psm3-kleisin界面,而是鉸鏈結(jié)構(gòu)域。而當(dāng)鉸鏈結(jié)構(gòu)域被交聯(lián)后,黏連蛋白環(huán)的解離力顯著增加,出現(xiàn)了一個(gè)約70pN的解離峰,這表明鉸鏈結(jié)構(gòu)域的交聯(lián)使得黏連蛋白環(huán)的另一個(gè)較弱界面暴露出來(lái),從而需要更大的力才能使其解離。這一發(fā)現(xiàn)揭示了黏連蛋白環(huán)在不同結(jié)構(gòu)域受到外力時(shí)的解離機(jī)制,即在正常情況下,鉸鏈結(jié)構(gòu)域是最先解離的薄弱環(huán)節(jié),而當(dāng)鉸鏈被固定時(shí),其他界面也會(huì)成為潛在的解離點(diǎn)。
圖4. 展示了單個(gè)黏連蛋白復(fù)合體能夠同時(shí)捕捉兩條DNA分子,并且這種DNA-DNA相互作用在生理?xiàng)l件下是穩(wěn)定的。研究人員在已經(jīng)裝載有λ-DNA的黏連蛋白上添加了第二條單鏈或雙鏈DNA,發(fā)現(xiàn)黏連蛋白能夠?qū)⒌诙lDNA捕獲并與之形成穩(wěn)定的相互作用,這種相互作用在高鹽濃度下依然能夠保持穩(wěn)定,并且可以通過(guò)限制酶切割第二條DNA來(lái)證明其拓?fù)湫再|(zhì)。此外,研究人員還觀察到,這種DNA-DNA相互作用對(duì)ATP和黏連蛋白裝載蛋白Scc2Mis4–Scc4Ssl3存在依賴性,并且能夠被黏連蛋白卸載復(fù)合體Pds5Pds5–Wpl1Wapl所破壞,這表明在實(shí)驗(yàn)中觀察到的DNA-DNA相互作用具有生理相關(guān)性,類似于細(xì)胞中姐妹染色單體之間的黏連。
圖5. 研究了黏連蛋白在維持兩條DNA之間相互作用時(shí)的機(jī)械穩(wěn)定性。實(shí)驗(yàn)中,研究人員將第二條DNA通過(guò)生物素-鏈霉親和素的相互作用連接到光鑷的微珠上,然后對(duì)黏連蛋白施加外力,觀察DNA-DNA相互作用的破裂情況。結(jié)果發(fā)現(xiàn),無(wú)論是單鏈DNA還是雙鏈DNA作為第二條DNA,其與第一條DNA之間的相互作用在約16pN的力下都會(huì)發(fā)生破裂,且破裂事件大多表現(xiàn)為單峰,這進(jìn)一步證實(shí)了單個(gè)黏連蛋白復(fù)合體在維持DNA-DNA相互作用中的關(guān)鍵作用。此外,研究人員還通過(guò)模擬計(jì)算解釋了為什么在DNA-DNA相互作用中測(cè)得的破裂力比直接對(duì)黏連蛋白施加力時(shí)測(cè)得的破裂力要小,這是因?yàn)楫?dāng)包含第二條DNA時(shí),DNA的拉伸過(guò)程會(huì)占用更多時(shí)間,從而降低了有效的力加載速率,使得黏連蛋白更有可能在較低的力下發(fā)生解離。
本研究通過(guò)單分子力測(cè)量技術(shù),揭示了黏連蛋白環(huán)的機(jī)械穩(wěn)定性主要由其鉸鏈結(jié)構(gòu)域決定,并且單個(gè)黏連蛋白復(fù)合體能夠同時(shí)包裹兩條DNA,在約16pN的外力作用下,黏連蛋白環(huán)會(huì)在鉸鏈處解離,從而導(dǎo)致DNA-DNA相互作用的破裂。這些發(fā)現(xiàn)為理解黏連蛋白在姐妹染色單體黏連和有絲分裂過(guò)程中的作用提供了重要的機(jī)械框架,并為研究黏連蛋白在其他染色體相關(guān)過(guò)程中的功能提供了新的視角。
本研究不僅解答了黏連蛋白如何在分子水平上抵抗有絲分裂紡錘體產(chǎn)生的力這一關(guān)鍵問(wèn)題,還為理解細(xì)胞分裂過(guò)程中染色體的準(zhǔn)確分離機(jī)制提供了新的見(jiàn)解。此外,這一發(fā)現(xiàn)對(duì)于研究黏連蛋白在轉(zhuǎn)錄、DNA復(fù)制等其他染色體相關(guān)過(guò)程中的作用也具有重要意義,因?yàn)轲みB蛋白在這些過(guò)程中同樣可能遇到機(jī)械力的挑戰(zhàn)。從應(yīng)用前景來(lái)看,深入了解黏連蛋白的機(jī)械特性可能有助于開(kāi)發(fā)針對(duì)癌癥等疾病的新型治療方法,因?yàn)轲みB蛋白的功能異常與染色體不穩(wěn)定性和腫瘤發(fā)生有關(guān)。此外,本研究中所采用的單分子力測(cè)量技術(shù)也為研究其他生物大分子的機(jī)械性質(zhì)提供了一種有力的工具,有望在生物醫(yī)學(xué)研究的多個(gè)領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。
光鑷是一種高精度單分子操縱和測(cè)量?jī)x器。它利用聚焦的激光束產(chǎn)生強(qiáng)大的光場(chǎng)梯度力,能夠捕獲并操縱微小的顆粒,如直徑在幾百納米到幾微米范圍內(nèi)的微珠。當(dāng)微珠被光鑷捕獲后,可以通過(guò)精確控制激光束的位置和強(qiáng)度,以及測(cè)量微珠在光場(chǎng)中的位移和受力情況,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)與微珠相連的生物大分子(如DNA、蛋白質(zhì)等)的力測(cè)量和操縱。
在單分子研究中的意義:光鑷技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)單分子的操控和力測(cè)量,對(duì)于研究生物大分子(如本實(shí)驗(yàn)中的黏連蛋白與 DNA)之間的相互作用具有不可替代的作用。在傳統(tǒng)研究方法難以深入到單分子層面探究相互作用機(jī)制時(shí),光鑷技術(shù)提供了一種直接有效的手段,使得研究人員能夠在分子水平上揭示生物過(guò)程的奧秘 。
為定量生物學(xué)發(fā)展提供支持:它為定量生物學(xué)的發(fā)展提供了關(guān)鍵技術(shù)支持。通過(guò)精確測(cè)量分子間相互作用的力,能夠定量地描述生物過(guò)程中的力學(xué)參數(shù),從而建立更加準(zhǔn)確的生物學(xué)模型。在本研究中,通過(guò)光鑷精確測(cè)量黏連蛋白從 DNA 脫離的力,為理解有絲分裂過(guò)程中染色體分離的力學(xué)機(jī)制提供了定量依據(jù) 。
拓展多學(xué)科研究領(lǐng)域:光鑷技術(shù)促進(jìn)了光學(xué)與生物學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)等多學(xué)科的交叉融合。在生命科學(xué)領(lǐng)域,它可用于研究細(xì)胞、病毒、蛋白質(zhì)、核酸等的力學(xué)特性和相互作用;在材料科學(xué)中,可用于操控和研究納米材料、膠體粒子等。這種跨學(xué)科的應(yīng)用拓展了各個(gè)學(xué)科的研究邊界,推動(dòng)了科學(xué)的整體發(fā)展 。
原文鏈接:
https://www.nature.com/articles/s41594-023-01122-4
推廣產(chǎn)品官網(wǎng)鏈接:
https://www.bruker.com/en/products-and-solutions/microscopes/optical-tweezers/jpk-nanotracker-2.html
本研究中所用的光鑷設(shè)備是部的NanoTracker 2,這是一款基于研究級(jí)倒置光學(xué)顯微鏡的光鑷平臺(tái),用于敏感操縱、力和追蹤實(shí)驗(yàn)。通過(guò)NanoTracker 2,用戶可以捕獲和追蹤從幾微米到30納米的顆粒,能夠以納米級(jí)的精度和飛牛的分辨率實(shí)時(shí)控制、操縱和觀察樣品。
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